Obsidian+Zotero助力科研

前言

时隔两年，重启博客。这两年，思想流浪了很久，在各种化学反应中愣是没沉淀完全，终还是溶解在这信息爆炸的洪流之中了。

前些日子连绵的雨仿佛让我都要发霉了，连同脑中那些离散的想法，慢慢发酵，逐渐腐烂。

过载的信息，凌乱的想法，日积月累的知识，感觉自己都快被扔进学术垃圾桶了。

于是，在世界读书日的今天，我决心重回这个地方，思考、输出。

这篇POST介绍的是如何使用Obsidian和Zotero联动管理学术文献与笔记，以及研究生的自我修养工作流，我会在自己的不断测评调整中慢慢完善它，主要内容包括：

• 个人知识管理库的构建
  • 基于「大脑外延」思想的专业特色知识结构库构建
  • Obsidian与Zotero联动配制与使用
  • Ob与Zotero插件推荐
• 高效工具的调用
  • flomo——零碎知识收集器
  • Diigo——文献纲要提炼器
  • X-mol——文献入库筛选器
  • TickTick——任务清单制定器
  • Anki——学术名词积累器
• 如何用此库为自己赋能
  • 提高学术写作精准用词能力
  • 构建特色的专业知识结构
  • 期刊投稿格式切换不用愁
  • ……

个人知识管理库的构建

基于「大脑外延」思想的专业特色知识结构库构建

底层思想源自船长的大脑外延公开课：[1] [2]

放置盒（缓存）：想法搜集器，用于记下那些在你脑中一闪而过的想法

发散数据库（硬盘）：概念仓、输入源，结构化记录那些后期不断发散让你记也记不住的知识

收敛数据库（算法）：目标导向的工程任务，基于工程目标的主动式学习

任务清单（执行程序）：细化成可执行的重复动作

我认为，一个工具要好上手，那它一定要是足够“简单的”。“适配”/“个性化”则是这个工具的拓展。因此，我只共享了在“科研”这个基调下的简单版Ob库——Ob for Research（OFR），我尽可能简约化，但我不得不承认，这个库里存在着我的小习惯，这些你都可以在后期慢慢使用中去调整以适配你自己。

在介绍如何使用OFR库之前，我先简单介绍一下该库的构建逻辑。这是我现阶段的想法，也许在未来我会慢慢优化它。

1. 分类的逻辑：OFR库以物理空间上对房间的划分来进行工作区分类——在什么地方，做什么样的事。
2. 运转的逻辑：
   • Admin-速览/概念集 → 发散数据库（硬盘）：用于存放特色知识结构中涉及的关键概念
   • Admin-速览/任务版 → 放置盒（缓存）& 收敛数据库（算法）& 任务清单（执行程序）
3. 方法论：目标设定与实现（此部分为我在Scott Young的Make It Happen课程的笔记总结）

以下是该库的使用说明书：

├─Admin-速览
├─Blog-博客
├─Lab-实验室
│  ├─分析结果
│  ├─原始数据
│  └─试验手册
├─Library-图书馆
│  ├─专业书籍
│  └─自由梦想
├─Literature-文献库
│  ├─mdnotes
│  ├─pdfs
│  └─文献专题
├─Study-书房
│  ├─指南方法
│  ├─研究方案
│  └─论文草稿
└─Warehouse-库房
    ├─Assets
    │  └─2023
    ├─Scripts
    ├─Templates
    ├─任务库
    ├─写作库
    │  ├─副词性
    │  ├─动词性
    │  ├─名词性
    │  ├─固定搭配
    │  ├─形容性
    │  └─连接词
    └─概念库
        ├─概念仓
        └─概念集

Admin-速览

顾名思义，这里是数据库的合集，为你提供最直接的视角

Blog-博客

这里是产出的圣地，你可以分享你的见解、思考，毕竟“输出带动输入”也是一种很不错的学习方式

Lab-实验室

用来存放那些与实验有关的东西，如果你希望在ob里也能看到其他格式的文件，可以进行如下操作：

Library-图书馆

对我来说，我的藏书有两种，一类是与科研相关的专业书籍，一类是那些另外沉浸的“杂书”，你可以根据你的习惯进行分类，这里没有什么规则

Literature-文献库

这里包括mdnotes，pdfs和文献专题，mdnotes用于存放基于模板创建的Zotero和ob双链的空白笔记，pdfs用于存放Zotero保存的附件文献pdf，这两个文件夹里的文件都是通过联动自动创建的，如果你想更改文件夹名，请记得在Zotero也修改相应的文件夹名。文献专题用于存放针对某一专题的文献总结，如果想更加便捷地使用，可以通过obsidian的quickadd插件实现

Study-书房

这里是一个可以专心与安静工作的地方，包括指南方法、研究方案和论文草稿，研究方案和论文草稿我设置了便捷按钮，可点击侧栏按钮直接根据模板创建笔记（模板在库房的Templates）。指南方法我常用于存放检测方法、仪器使用方法等。

在OFR库的右上侧栏有一个日历板块，单击相应的日期可以创建日记，也许你会想把日记存放在书房，所以我把日记位置的设置方法放在了这里：

Warehouse-库房

这里存放了模板、脚本和图片数据，正如库房一般。

• Assets用于存放ob的所有图片，我会根据年份文件夹进行分类

• Scripts和Templates用于存放脚本和模板

• 任务库，写作库，概念库分别用于存放速览中数据库表任务板、写作典和概念集所创建/所需要展示的文件

这里对“概念卡片”和“概念合集”快捷按钮做个说明：概念卡片用于记录单个名词的释义，概念合集用于收集某些相近概念卡片合集

我在OFR插件中保留了一些我觉得不错的ob插件，如果你想了解更多，可以进一步探索，但不要忘记，插件是为了服务记录笔记本身，所以最重要的还是，记录。

Obsidian与Zotero联动配置与使用（基于Windows操作系统）

0.软件下载

• 文献信息管理软件：Zotero - 考虑到插件兼容性，建议安装6.0版本

• zotero插件：

  • Zotfile - 用于自动重命名附件并存放到指定目录 （直接下载）
  • Mdnotes - 基于模板将文献生成markdown笔记（直接下载）
  • Better Bibtex - 用于生成citation key，实现zotero与obsidian的联动（直接下载）
  • Zotero-pdf-translate（可选） - 在zotero中实现划词翻译等功能（直接下载）

• Python环境及包管理工具：Anaconda - 安装时需要添加环境变量（直接下载），安装完成后，运行以下命令安装相应模块：

  conda activate base
    
  pip install pyperclip bibtexparser
  

  注：如在此步安装有困难，可自行使用搜索引擎进行搜索以寻求解决方案，此处不赘述

• 文件格式转换工具：Pandoc - 安装完成后可在命令行输入pandoc --version查看安装信息，同样需要添加环境变量

• Ob for Research库

一键打包下载Zotero及其插件与Anaconda（更新日期：2023-11-25）

1.联动配置

• zotero基础设置：菜单栏「编辑」→「首选项」，设置zotero数据与pdf文件存储位置，在本Ob for Research库，pdf储存在X:\…\Ob for Research\Literature-文献库\pdfs

  

  

• 安装zotero插件：菜单栏「工具」→「附加组件」，选择上述下载的zotero插件（*.xpi）进行安装

  

• 插件设置：

  • Zotfile：「工具」→「ZotFile Preference」，实现在zotero条目中右键选择Attach New File后将桌面的pdf文件重命名并移动到ob库的指定文件夹下，以下为我的配置，其中Renaming Rules可参考官方文档根据自己的喜好修改

    

    

    

  • Mdnotes：「工具」→「Mdnotes首选项 」，实现在zotero条目中右键选择Mdnotes→创建Mdenotes文件后在ob库指定位置创建笔记，以下是我的配置，供参考

    

    

  • Better Bibtex：「工具」→「Better BibTex 」→「打开Better BibTex 首选项」，自动创建zotero与ob联动的citation key，也可在ob中使用[[citation key]]实现笔记直接的相互引用

    

    

    【2024-01-18更新】

    去掉了含“[]”的命名，改为该配置：auth + year + journal.abbr.prefix('-') + shorttitle(3,3).condense(_).prefix('-')，目的是用markdown写完论文后，用pandoc将其转化为docx格式时，citation能正常导出。

• 导出文献库到ob库

  • 右键「我的文库」→「导出文献库 」，选择「Better BibLaTeX 」格式并勾选「保持更新」，点击确定后将导出的文件命名为My-Literature-Library.bib保存到X:\…\Ob for Research\Warehouse-库房\Scripts中

    

至此，zotero与obsidian的联动配置就完成了

2.联动使用

• 选择筛选后需要入库的文献，填写DOI添加条目，也可使用zotero的chrome插件直接一键添加

  

• 下载文献原文pdf保存在桌面后，在新增条目右键选择Attach New File，此时会弹窗让你确认是否将pdf文件重命名并保存到指定文件夹，一般会默认选择最新保存到桌面的pdf文件，注意要避免在其他软件打开该pdf文件以避免重命名与移动文件不成功。根据个人习惯也可使用zotero插件zotero-scihub实现自动下载pdf文件

  

• 选择需要做笔记的条目创建笔记到ob库

  

• 固定citation key引用，固定后可以看到一个小图钉的图标，这一步骤是防止更改citation key后影响双链

  

其他操作就是点点点，试试就知道了

高效工具的调用

这一部分我还没想好如何去详细介绍这些工具，但下列提纲是我对这些工具最简单的介绍，如果你感兴趣，你可以自己先探索。

flomo——零碎知识收集器

• PDF.js+Chrome+flomo=构建思想闪光流

Diigo——文献纲要提炼器

X-mol——文献入库筛选器

TickTick——任务清单制定器

Anki——学术名词积累器

• PDF.js+Chrome+Anki=构建语境习词库

如何用此库为自己赋能

提高学术写作精准用词能力

构建特色的专业知识结构

期刊投稿格式切换不用愁